海洋科 / 航海コース
内航船の船舶職員（船長や航海士）として必要でまた十分な資格である、四級海技士（航海）の国家資格の取得を目指します。卒業時に筆記試験が免除されます。
3県が共同で運航している実習船「海友丸」698トンを利用して２年生２学期に日本沿岸を航海する多目的航海や、長期マグロはえ縄漁業実習航海を行い、長期航海ではハワイにも寄港します。この時、ハワイの高校と国際交流を行っています。この航海は必修で、3か月間の乗船履歴を取得します。
両コースとも卒業後に専攻科（2年間）に進学し、3級海技士の資格を取得することが可能です。
海洋科 / 機関コース
大型船の機関士に必要な4級海技士（機関）の資格を取得します。
水産高校実習船「海友丸」698トンを利用して２年生２学期に長期航海実習を行い、
４日間ハワイにも滞在します。この時、ハワイの高校と国際交流を行っています。
海洋科 / マリン技術コース
水中作業のスペシャリストである潜水士を養成します。
沖縄における潜水実習で上級ダイバーの資格を取得し、その後水中溶接や重量物運搬、水中での機材組み立てなどを行います。課外授業でダイビングインストラクター資格を取得することも可能です。
食品流通科 / 食品開発コース
食品開発コースでは、魚の活き作り実習やシーチキン缶詰製造実習をとおして食品開発のプロを養成します。
どちらのコースも調理実習や食品分析実験が充実しています。
食品流通科 / 流通科学コース
流通科学コースでは、食品開発コース同様調理実習を行いますが、これらに加え情報処理や簿記の勉強を行います。この学習をとおして販売士の資格を取得し、流通業界にも対応できる人材を育成します。
アクアライフ科 / バイオ技術コース
水産生物の生態、環境、飼育に関する知識を学習し、バイオテクノロジーを含む、育種や種苗生産、潜水、操船に関する技術を身に付けます。
両コースとも水産分野での起業家育成を目標としています。『プロジェクト-T』も進行中です！
アクアライフ科 / 漁業経営コース
広く一般的に応用できる経営、簿記、情報処理に関する知識を学習し、漁業後継者として必要な漁業、操船、潜水の技術を身に付けます。
